Biserica „Nașterea Sf. Ioan Botezătorul” a fost construită din lemn în anul 1817, în cimitirul vechi al mănăstirii, aflat la o distanță de aproximativ 150 m sud-est de Biserica „Adormirea Maicii Domnului”, pe o culme joasă. Acest lăcaș de cult s-a realizat prin osârdia maicii Olimpiada, fondatoarea mănăstirii.
Biserica de cimitir a fost refăcută din piatră în anul 1844, după cum atestă o inscripție aflată pe zidul vestic, în timpul stăreției maicii Eufrosina Lazu. Referitor la construirea bisericii, în pomelnicul lăcașului de cult sunt precizate următoarele: „Fondatorii sfintei biserici au fost mai întâi Sfinția sa schimonahia Eufrosina Lazu, arhimandrită și stareța sfintei mănăstiri Văratecu. Și în al doilea, cu ajutorul soborului și altor făcători de bine”. Ea a suferit unele adăugiri în jurul anului 1880.
Biserica are plan dreptunghiular, având atașat un pridvor în colțul sud-vestic și un diaconicon în colțul de sud-est. Deasupra pridvorului se află turnul-clopotniță din lemn având deasupra o turlă tot din lemn. Pe acoperișul lăcașului de cult se află trei turle înalte, din lemn.
Interiorul este compartimentat în pridvor, pronaos, naos și altar. Pronaosul este separat de naos printr-o arcadă masivă, iar absidele laterale sunt scobite în grosimea zidurilor. Pereții interiori ai lăcașului de cult și icoanele din catapeteasmă au fost pictați în 1880 de zugravii T. Ioan și D. Iliescu, aceeași care au pictat în 1882 și pereții Bisericii „Adormirea Maicii Domnului”.
În apropierea zidului sudic al bisericii se află mormântul poetei Veronica Micle (1850-1889). Acesta este singurul mormânt rămas din vechiul cimitir al mănăstirii, după ce osemintele din celelalte morminte au fost deshumate și depuse în osuarul de sub altarul Bisericii „Adormirea Maicii Domnului”. Pe placa de marmură de pe monumentul funerar este înscris următorul epitaf în versuri:
„Și pulbere țărînă din tine se alege
Căci asta e a lumii nestrămutată lege.
Nimicul te aduce, nimicul te reia
Nimic din tine-n urmă nu va rămînea.
Veronica Micle. 4. VIII. 1889″
În prezent, această biserică este întrebuințată pentru pravila zilnică a călugărițelor.
